С течение на времето църквата е загубила своите основни декоративни елементи по западната, северната и южната фасади. На база на събраните архивни данни, предоставени любезно от Главния архив на Мисионерите Пасионисти в град Рим и от отците пасионисти в България, бяха проучени различните периоди след построяването на църквата през 1860год. до днес. Възстановява се рустиката на мазилката по западната северната и южните фасади. Всички декоративни фризове и пиластри се възстановяват в първоначалният им вид.
Фасадите на църквата са изцяло реставрирани по архивни снимки и материали, като съществувалите някога мазилкови орнаменти и капители са възстановени от гранит и мрамор. Декоративният релеф в централния фронтон е възстановен от бял мрамор. Аварийно укрепваната в годините камбанария с допълнително изградени бетонови пиластри е възстановена в първоначалния си вид. Конзолите и фризовете на двете странични врати на западната фасада, подменени с поликарбонатни двускатни покривчета са изцяло реставрирани. Гранитен цокъл със завършващ фриз подменя правеният допълнително мозайков цокъл. Поради високите подпочвени води от река Дунав, около църквата е изграден дренаж, а основите са подкопани и укрепени по целия периметър. Ламариненото покривно покритие е подменено с керемиди. Положена е топлоизолация минерална вата на покрива и EPS по стени и под.
Художествено осветление подчертава декоративните елементи по фасадите и камбанарията.
Изцяло е подменена дворната настилка от бетонови тротоарни плочи около църквата с гранитни плочи и бордюри.
Олтарната маса на църквата „Рождение на Блажена Дева Мария“ е претърпявала редица промени във времето. Новата маса е изградена в стила на олтара зад нея, като са заимствани характерните двойни кръгли колони, облечени в мрамор. Между тях е разположена мозайка изобразяваща Агнеца Божий с кръст, върху книгата или свитъка със седемте печата, която Йоан от Патмос вижда в Откровение от Исус Христос. Мозайката е дело на художника Стоян Карагеоргиев.
В новата маса е запазен оригиналния мраморен плот, върху който е служил последният български епископ пасионист Евгений Босилков, родом от Белене, обявен от папа Йоан Павел II за блажен на католическата църква на 15 март 1998 г. В южната апсида на църквата се съхранява реликва, част от окървавената риза на Евгений Босилков, убит в двора на Софийския Централен затвор.
На пода пред олтарната маса е разположена мозайка с герба на отците Пасионисти.
Мотивите в централната пътека на църквата са заимствани от чипровските килими. Историята на града е тясно свързана с историята на едни от първите католически общности в България, датиращи според различни източници от XIII-XV век.
